Увод у биоинформатику

Студент је упознат са проблемима модерне биоинформатике и рачунарнским методама за њихово решавање. Стекао је увид у најважније алгоритме, као и њихову имплементацију у виду алата са отвореним изворним кодом.

 

Теоријска настава

Основни принципи функционисања ћелија. Појам генома и формати за дигитални запис генетских информација. Проналажење асоцијација између генетских промена и фенотипа. Технике секвенцирања генома. Алгоритми за склапање секвенци, граф преклапања фрагмената и Де Брујин граф. Алгоритми за склапање секвенци. Употреба ФМ индекса. Бојер-Мур, Бојер-Мур-Хорспул, Смит-Вотерман и Ниделман-Вунш алгоритми. Проналажење генетских варијанти у секвенцираним подацима. Анализа података добијених из канцерозних узорака. Секвенцирање РНК и анализа података.

 

Практична настава

Рад са стандардним форматима података (БАМ, БЕД, ФАСТА, ФАСТQ, ВЦФ) кроз Линукс командну линију и специјализоване библиотеке у програмском језику Пyтхон. Имплементација основних варијанти алгоритама из биоинформатике у циљу стицања дубљег разумевања. Употреба БWА алата за поравнање. Употреба пакета алата ГАТК за анализу података из ДНК секвенцирања. Употреба алата Калисто за анализу података из РНК секвенцирања.