Циљ и исход предмета
Разумевање и примена основа анализе и склапања генетичких секвенци. Упознавање са основима анализе генетске активности у здравим и болесним ћелијама путем биолошких микронизова. Добијање пуне слике генетичких функција, укључујући профиле експресије на mRNK и протеинском нивоу. Способност склапања и анализе генетичких секвенци, као и анотације гена и протеина у организму.
Теоријска настава
Предмет покрива основне алгоритме за поравнавање секвенци и основе биологије потребне за разумевање генома. Алгоритми који ће се користити су: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, BLAST фамилија алгоритама; методе за адресирање и кориговање грешака у секвенцирању генома; разликовање грешака у секвенцирању генома од региона генома који се понављају. Основе биологије: мутације, полиморфизам једног нуклеотида, еволуционе дистанце између генома разних врста. Симулирање генома и еволуције. Анализа функције генома као важан корак ка налажењу нових молекула (лекова) којима би се могли циљати протеини у болесним ћелијама. Експресија гена, микронизови, њихове апликације (нпр. у идентификацији гена изражених у разним типовима ћелија или разним ћелијским стањима), кораци у експериментима са микронизовима, квантитативна интерпретација резултата, нормализација, анализа диференцијалне експресије гена, основне статистичке анализе резултата, њихова визуелизација и нумеричка интерпретација, као и класификација и кластеровање података.
Студијски истраживачки рад
Студијски истраживачки рад обухвата проучавање литературе, првенствено научних часописа из области биоинформатике и рачунарске геномике.