Studentkinja Računarskog fakulteta Jelena Đoković je u četvrtak, 18. decembra 2025. godine odbranila diplomski rad na temu Primena De Bruijn grafova u hibridnim de novo asemblerima u bioinformatici pred komisijom koju su činili mentor dr Goran Rakočević i član dr Marko Mladenović.
U apstraktu svog rada Jelena je istakla:
Ovaj rad opisuje primenu De Bruijn grafova u hibridnom de novo asemblovanju genoma. De Bruijn grafovi su se pokazali kao moćan alat u organizovanju i predstavljanju sekvenciranih podataka. Metode hibridnog asemblovanja paralelno koriste tehnike sekvenciranja kratkih i dugih očitavanja i na taj način dobijaju preciznije i duže sekvence nepoznatog genoma. De Bruijn grafovi se nalaze u jezgru modernih asemblera na bazi kratkih očitavanja, dok njihova uloga u hibridnim asemblerima još uvek nije do kraja definisana. Primena De Bruijn grafova u hibridnim asemblerima otvara mogućnost za potpuniju iskorišćenost savremenih tehnika sekvenciranja i rešavanje još uvek otvorenih problema kao što su: repetitivni regioni, strukturne varijacije, uticaj grešaka koje se pojavljuju u sekvenciranom genomu, rezultujući visoko preciznim rekonstrukcijama genoma.
…
Iako De Bruijn grafovi nisu primarna metoda za asemblovanje genoma uz pomoć dugih očitavanja, njihovo uključivanje u hibridne assemblere pokazuje obećavajuće perspektive za prevazilaženje ograničenja povezanih sa pojedinačnim tehnologijama sekvenciranja. Integrišući podatke sa platformi kratkih i dugih očitavanja, hibridni assemblere koriste prednosti svake tehnologije, što dovodi do poboljšane tačnosti asemblovanja, kontinuiteta i kompletnosti krajnjeg rezultata. Fleksibilnost De Bruijn grafova kao grafovskog prikaza sekvenciranih podataka omogućava efikasnu organizaciju i analizu genomske informacije, olakšavajući asemblovanje velikih i složenih genoma. Nastavak istraživanja i razvoja hibridnih metoda asemblovanja, iskorišćavanjem prednosti De Bruijn grafova, ima potencijal da unapredi naše razumevanje strukture i funkcije genoma, što konačno dovodi do inovacija sa dubokim implikacijama za različite oblasti. – zaključila je Jelena.