U sredu, 21. decembra, sa početkom u 18 sati, u sali 718 na Matematičkom fakultetu Univerziteta u Beogradu, u okviru seminara Bioinformatika će biti održano predavanje dr Nataše Pržulj sa temom „Novi uvidi u biologiju analizom bioloških mreža“. Pozivamo sve zainteresovane nastavnike i studente da prisustvuju predavanju.
Apstrakt
Geni proizvode na hiljade različitih tipova proteina, koji međusobno reagujući formiraju kompleksne mreže koje održavaju ćelijski život. Moguće je da će podaci o proteinskim interakcijama biti korisni za nova biološka otkrića koliko i genetske sekvence. Zbog velike količine interakcijskih podataka, poređenja mreža koje opisuju biološke sisteme patogenih i ne-patogenih vrsta bi mogla imati ključnu ulogu u razumevanju patoloških mehanizama. Takođe, poređenje mreža zdravih i bolesnih ćelija bi moglo produbiti razumevanje bolesti i voditi identifikaciji ćelijskih delova koji su kandidati za novu terapeutsku intervenciju.
Postojeći algoritmi za poravnavanje mreža koriste informacije eksterne topologiji mreže, npr. genetske ili proteinske sekvence. Pošto je topologija mreže novi i nezavisan izvor bioloških informacija, važno je razumeti koliko biologije se moze naučiti iz topologije, nezavisno od bilo kog drugog izvora podataka. Zato smo razvili matematički rigorozne načine poravnavanja mreža bazirane isključivo na topologiji. Naši metodi proizvode do sada najkompletnija poravnavanja mreža koja otkrivaju velike, povezane regione sličnosti između mreža.
Povrh toga, pokazali smo da je topologija mreže drugačija oko gena impliciranih u kanceru i onih koji nisu implicirani u kanceru. Na osnovu toga smo predvideli nove gene potencijalno odgovorne za kancer i naše predikcije su fenotipski validirane. Naše analize pokazuju da graf-teoretske analize bioloških mreža mogu da daju nove uvide u biologiju i filogeniju kao i da pomognu identifikaciji novih proteina za koje se lekovi vezuju, što može doprineti razvoju novih lekova i poboljšanju zdravstvene nege.