Student Lazar Erdeljan odbranio je diplomski rad na temu „Određivanje genetskih regulatornih mreža iz podataka dobijenih sekvenciranjem pojedinačnih ćelija“

Student Računarskog fakulteta Lazar Erdeljan je u četvrtak, 28. oktobra 2021. godine odbranio diplomski rad na temu Određivanje genetskih regulatornih mreža iz podataka dobijenih sekvenciranjem pojedinačnih ćelija pred komisijom koju su činili mentor, dr Goran Rakočević i član, dr Dušan Vujošević.

U uvodu svog rada Lazar je isakao sledeće: 

U ovom radu pokušaću da uporedim dva razlicita pritupa pri pornalaženju regulatornih putanja koristeći se podacima o ekspresiji gena iz jendoćelijskog RNK uzorka. Prvi pristup je da se algoritmi i alati za pronalaženje regulatornih putanja pokreću nad celim skupom podataka, a drugi je da se, pomoću anotacija o tipu ćelija u uzorku, izoluje nekoliko ćelijskih tipova koji imaju najveći broj ćelija u celom uzorku i da se isti alati i algoritmi pokreću nad tim izolovanim podacima. Upoređivanjem ova dva pristupa pokušaću da izvučem zaključak o tome da li postoji razlika u rezultatima između pristupa i da li je bolje izolovati pojedinačne ćelijske tipove ili ne.

Na osnovu gore navedenih rezultata i interpretacija mogu izvesti zaključak da rezultat pokretanje i vršenje ovakih analiza kao što je rekonstrukcija regulatornih putanja poprilično zavisi od toga da li u podacima postoje i drugi ćelijski tipovi, kao što je slučaj bulk modelu. Ovo me navodi na to da je bolje apriori odvajati skup podataka na ćelisjke pod tipove i takve podskupove podataka nezavisno propuštati kroz algoritam za rekonstrukciju regutlatorni putanja.
Dalji rad bi mogao da obuhvati analizu u kojoj bi povećali opseg podataka, broj ćelija i gena, pokretanje algoritma u još nekoliko različitih konfiguracija kako bi videli da li i kako
utiče na performasne, kao i upotrebu drugih algoritama za rekonstrukciju regultaornih putanja. – zaključio je Lazar.

Fotografije sa odbrane nalaze se u galeriji.

6512-student-lazar-erdeljan-odbranio-je-diplomski-rad-na-temu-odredivanje-genetskih-regulatornih-mreza-iz-podataka-dobijenih-sekvenciranjem-pojedinacnih-celija