Cilj i ishod predmeta
Razumevanje i primena osnova analize i sklapanja genetičkih sekvenci. Upoznavanje sa osnovima analize genetske aktivnosti u zdravim i bolesnim ćelijama putem bioloških mikronizova. Dobijanje pune slike genetičkih funkcija, uključujući profile ekspresije na mRNK i proteinskom nivou. Sposobnost sklapanja i analize genetičkih sekvenci, kao i anotacije gena i proteina u organizmu.
Teorijska nastava
Predmet pokriva osnovne algoritme za poravnavanje sekvenci i osnove biologije potrebne za razumevanje genoma. Algoritmi koji će se koristiti su: Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, BLAST familija algoritama; metode za adresiranje i korigovanje grešaka u sekvenciranju genoma; razlikovanje grešaka u sekvenciranju genoma od regiona genoma koji se ponavljaju. Osnove biologije: mutacije, polimorfizam jednog nukleotida, evolucione distance između genoma raznih vrsta. Simuliranje genoma i evolucije. Analiza funkcije genoma kao važan korak ka nalaženju novih molekula (lekova) kojima bi se mogli ciljati proteini u bolesnim ćelijama. Ekspresija gena, mikronizovi, njihove aplikacije (npr. u identifikaciji gena izraženih u raznim tipovima ćelija ili raznim ćelijskim stanjima), koraci u eksperimentima sa mikronizovima, kvantitativna interpretacija rezultata, normalizacija, analiza diferencijalne ekspresije gena, osnovne statističke analize rezultata, njihova vizuelizacija i numerička interpretacija, kao i klasifikacija i klasterovanje podataka.
Studijski istraživački rad
Studijski istraživački rad obuhvata proučavanje literature, prvenstveno naučnih časopisa iz oblasti bioinformatike i računarske genomike.