Uvod u bioinformatiku

Student je upoznat sa problemima moderne bioinformatike i računarskim metodama za njihovo rešavanje. Stekao je uvid u najvažnije algoritme, kao i njihovu implementaciju u vidu alata sa otvorenim izvornim kodom.

Teorijska nastava

Osnovni principi funkcionisanja ćelija. Pojam genoma i formati za digitalni zapis genetskih informacija. Pronalaženje asocijacija između genetskih promena i fenotipa. Tehnike sekvenciranja genoma. Algoritmi za sklapanje sekvenci, graf preklapanja fragmenata i De Brujin graf. Algoritmi za sklapanje sekvenci. Upotreba FM indeksa. Bojer-Mur, Bojer-Mur-Horspul, Smit-Voterman i Nidelman-Vunš algoritmi. Pronalaženje genetskih varijanti u sekvenciranim podacima. Analiza podataka dobijenih iz kanceroznih uzoraka. Sekvenciranje RNK i analiza podataka.

Praktična nastava

Rad sa standardnim formatima podataka (BAM, BED, FASTA, FASTQ, VCF) kroz Linux komandnu liniju i specijalizovane biblioteke u programskom jeziku Python. Implementacija osnovnih varijanti algoritama iz bioinformatike u cilju sticanja dubljeg razumevanja. Upotreba BWA alata za poravnanje. Upotreba paketa alata GATK za analizu podataka iz DNK sekvenciranja. Upotreba alata Kalisto za analizu podataka iz RNK sekvenciranja.