Увод у биоинформатику

Студент је упознат са проблемима модерне биоинформатике и рачунарским методама за њихово решавање. Стекао је увид у најважније алгоритме, као и њихову имплементацију у виду алата са отвореним изворним кодом.

Теоријска настава

Основни принципи функционисања ћелија. Појам генома и формати за дигитални запис генетских информација. Проналажење асоцијација између генетских промена и фенотипа. Технике секвенцирања генома. Алгоритми за склапање секвенци, граф преклапања фрагмената и Де Брујин граф. Алгоритми за склапање секвенци. Употреба FM индекса. Бојер-Мур, Бојер-Mур-Хорспул, Смит-Вотерман и Ниделман-Вунш алгоритми. Проналажење генетских варијанти у секвенцираним подацима. Анализа података добијених из канцерозних узорака. Секвенцирање RNK и анализа података.

Практична настава

Рад са стандардним форматима података (BAM, BED, FASTA, FASTQ, VCF) кроз Linux командну линију и специјализоване библиотеке у програмском језику Python. Имплементација основних варијанти алгоритама из биоинформатике у циљу стицања дубљег разумевања. Употреба BWA алата за поравнање. Употреба пакета алата GATK за анализу података из DNK секвенцирања. Употреба алата Калисто за анализу података из RNK секвенцирања.